با تصویب چارت تشکیلاتی جدید، مرکز آموزشی، پژوهشی و درمانی کوثر سمنان از ابتدای تابستان سال  1393 معاونت آموزشی و پژوهشی در این مرکز راه اندازی شده و دکتر داریوش پهلوان (متخصص طب کار و عضو هیات علمی دانشگاه) بعنوان معاون آموزشی و پژوهشی بیمارستان معرفی شد.

از اسفند 1395 دکتر مجید میرمحمدخانی (اپیدمیولوژیست و عضو هیات علمی دانشگاه) مسئولیت معاونت آموزشی و پژوهشی مرکز کوثر را بر عهده گرفتند.

از خرداد 1397 دکتر فرید حیدری (متخصص روانپزشکی و عضو هیات علمی دانشگاه) مسئولیت معاونت آموزشی و پژوهشی مرکز کوثر را بر عهده گرفتند.

بعد از شروع به کار این معاونت، امور آموزشی و پژوهشی مرکز تحت نظارت معاونت آموزشی و پژوهشی ساماندهی شده و بعد از ادغام بخش های جراحی و داخلی در این مرکز با جدیت دنبال شد.

راه اندازی واحد توسعه تحقیقات بالینی، تشکیل شورای پژوهشی در مرکز، راه اندازی دفتر توسعه مطالعات علوم پزشکی (EDO)، ارائه مشاوره و تسهیل اجرای طرح های پژوهشی و پایان نامه های دانشجوئی، نظارت بر فعالیتهای آموزشی اساتید و گرو ه های آموزشی پزشکی تخصصی در بیمارستان، بررسی و رفع مشکلات آموزشی و رفاهی دانشجویان و نظارت بر آموزش کارکنان از اهم فعالیت های این معاونت می باشد.