با تصویب چارت تشکیلاتی جدید، مرکز آموزشی، پژوهشی و درمانی کوثر سمنان از ابتدای تابستان سال 1393 معاونت آموزشی و پژوهشی در این مرکز راه اندازی شده و دکتر داریوش پهلوان (متخصص طب کار و عضو هیات علمی دانشگاه) بعنوان معاون آموزشی و پژوهشی بیمارستان معرفی شد.
از اسفند 1395 دکتر مجید میرمحمدخانی (اپیدمیولوژیست و عضو هیات علمی دانشگاه) مسئولیت معاونت آموزشی و پژوهشی مرکز کوثر را بر عهده گرفتند.
از خرداد 1397 دکتر فرید حیدری (متخصص روانپزشکی و عضو هیات علمی دانشگاه) مسئولیت معاونت آموزشی و پژوهشی مرکز کوثر را بر عهده گرفتند.
بعد از شروع به کار این معاونت، امور آموزشی و پژوهشی مرکز تحت نظارت معاونت آموزشی و پژوهشی ساماندهی شده و بعد از ادغام بخش های جراحی و داخلی در این مرکز با جدیت دنبال شد.
راه اندازی واحد توسعه تحقیقات بالینی، تشکیل شورای پژوهشی در مرکز، راه اندازی دفتر توسعه مطالعات علوم پزشکی (EDO)، ارائه مشاوره و تسهیل اجرای طرح های پژوهشی و پایان نامه های دانشجوئی، نظارت بر فعالیتهای آموزشی اساتید و گرو ه های آموزشی پزشکی تخصصی در بیمارستان، بررسی و رفع مشکلات آموزشی و رفاهی دانشجویان و نظارت بر آموزش کارکنان از اهم فعالیت های این معاونت می باشد.
از شهریور سال 1398 دکتر محمد امیر سرابی (فوق تخصص خون و سرطان بالغین و عضو هیات علمی دانشگاه) مسئولیت معاونت آموزشی و پژوهشی و مسئولیت EDO مرکز آموزشی پژوهشی و درمانی کوثر را بر عهده گرفتند.
از فروردین سال 1401 دکتر محبوبه دربان (فوق تخصص ریه و عضو هیات علمی دانشگاه) مسئولیت معاونت آموزشی و پژوهشی مرکز آموزشی پژوهشی و درمانی کوثر را بر عهده گرفتند.
از فروردین سال 1401 دکتر مرتضی پرتویان (متخصص بیهوشی و عضو هیات علمی دانشگاه) مسئولیت دفتر توسعه مطالعات علوم پزشکی (EDO) مرکز آموزشی پژوهشی و درمانی کوثر را بر عهده گرفتند.
